2005年に登録された知床は、北海道の東部に位置し、北半球における流氷の南限とされ、独自の自然と生態系が息づいています。ヒグマやシャチなどの大型ほ乳類、絶滅のおそれがあるシマフクロウをはじめとするたくさんの野生動物が生息しています。火山活動や浸食活動により形成された険しく雄大な自然景観、大自然でのトレッキングや流氷ダイビングなど、他では味わえない体験ができます。

1993年に登録された白神山地は、秋田県北西部と青森県南西部にまたがる約13万 haにも及ぶ広大な山地帯です。ここは東アジア最大級の面積を誇る原生ブナ林が広がり、狩猟や採取など山と共生してきた「マタギ」文化に触れながら、五感を癒す森でのひとときを楽しめます。ブナ林には多種多様な動植物が生息・自生しており、中でもニホンカモシカは特別天然記念物に指定されています。

2011年に登録された小笠原諸島は、東京都心から約1,000km南に位置する亜熱帯の島々です。海には野生のイルカやクジラ、ウミガメが来遊しボニンブルーと称される海の色、透明度は多くのダイバーを魅了しています。陸においては、島誕生後一度も陸続きになったことがないため、地球上で小笠原にしか存在しない動植物が多数生息しています。

1993年に白神山地とともに日本で初めて世界自然遺産に登録された屋久島。亜熱帯と温帯域の狭間に位置した花崗岩の山岳島であり、多くの雨に恵まれ、樹齢数千年の屋久杉をはじめ特殊な森林生態系と山頂から海まで続く豊かな水環境は、遺産登録の評価基準となっている自然の景観美と共に多くの生命を育んでいます。また黒潮が流れる周辺の海域には海洋生物が多く生息しており、北太平洋で最も多くアカウミガメが産卵する地域にもなっています。

2021年に登録された奄美・沖縄は日本列島の南端部に、約1,200kmにわたって弧状に点在する琉球列島の一部であり、鹿児島県の奄美大島と徳之島、沖縄県の沖縄島北部と西表島4つの地域から構成されています。イリオモテヤマネコやアマミノクロウサギなど、絶滅危惧種95種を含む陸生動植物が息づく豊かな森と透明度の高い海が特徴です。